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조세브리핑_TAX Briefing

배포일시	2025. 1. 17.(금)	생산부서 (담당자)	연구기획실 실 장 함택동 / 02-6011-8558 담 당 정은주 / 02-6011-8561

2024년 세법개정 후속 시행령 개정안 핵심사항

회원님, 안녕하십니까?

우리회는 최고의 조세전문가인 세무사 회원님께서 꼭 알아야 하고 고객을 위해 제공할 수 있는 중요한 조세뉴스와 핵심 조세정보를 ‘조세브리핑’으로 적시성있게 제공하고 있습니다.

기획재정부는 2025. 1. 17. 지난해 12월 31일 공포한 개정세법에서 위임한 사항 등을 규정하기 위해 소득세법 시행령 등 21개 후속 시행령 개정안을 입법예고 했습니다. 이 시행령 개정안은 입법예고(‘25.1.17. ~ 2.5.), 차관회의·국무회의 등의 절차를 거쳐 2025년 2월 중 공포·시행될 예정입니다.

이에 사업현장에서 필요한 개정세법 시행령 주요 개정사항을 정리하여 회원님께 알려드리니, 자부심 높은 최고의 세무전문가인 세무사로서 직무수행에 적극 활용하시기 바랍니다.

붙임: 1. 2024년 세법개정 후속 시행령 개정안 핵심사항

2. 2024년 세법개정 후속 시행령 개정안(요약본)

3. 2024년 세법개정 후속 시행령 개정안(상세본)

한국세무사회 대외홍보실	02-521-9455

2024년 세법개정 후속 시행령 개정안 핵심사항

- 기획재정부(2025.1.17.) 입법예고 -

(2025. 1. 17. 한국세무사회 제공)

1		소득세법 시행령

□ 기업 출산지원금의 비과세 적용기준 세부사항 규정(소득령 §17의2)

◦ (비과세 제외) 개인사업자사용자와 친족관계에 있는 자 또는 법인법인의 지배주주등(지배주주와 친족관계 및 경영지배관계에 있는 자)

◦ (지급횟수 기준) 사용자별*로 2회 지급분까지 인정하고, 출산일 이후 3차례 이상 지급 시 최초 2차례 지급분까지 비과세

* 이직 시 지급횟수를 누적계산하지 않음

□ 종업원 할인혜택 시가 판단 및 비과세 범위 등 세부사항 규정(소득령 §17의5, §38③)

◦ (시가의 판단기준) 동일기간 일반소비자와의 정상 거래가격을 시가로 인정하고, 판매불가능 재화*는 할인가를 시가로 인정

* 파손ㆍ변질ㆍ유효기간 도과 등으로 해당 종업원이 아니면 판매할 수 없는 경우에는 할인가격을 시가로 판단 가능

◦ (비과세 금액) Max(시가의 20%*, 연 240만원)

* 연간 종업원 할인혜택을 받아 구입한 재화ㆍ용역별 시가를 합산한 금액 기준

◦ (재판매 금지기간) 자동차ㆍ가전은 2년, 그 외 재화는 1년

□ 연금계좌 추가납입 대상 확대(소득령 §40의2)

◦ 부부합산 1주택인 기초연금수급자의 장기 보유(10년) 부동산 양도차익을 연금계좌 추가납입(생애 누적한도 1억원) 허용

□ 고가주택 2주택자의 간주임대료 과세대상 구체화(소득령 §53②)

◦ 고가주택(기준시가 12억원 초과) 2주택자에 대한 간주임대료 과세대상을 전세보증금 합계 12억원 초과로 규정(’26.1.1. 시행)

* 간주임대료: 전세보증금(3억원 초과분)의 60%에 대한 이자상당액(정기예금이자율 3.5%)

□ 감가상각 대상 무형자산 범위 보완(소득령 §62·§63)

◦ 감가상각대상 자산 범위에 ‘그 밖에 이와 유사한 무형자산’ 추가

□ 거주자의 가상자산 취득가액 산정방식 보완(소득령 §88④·⑤)

◦ 국내 거래소 외 거래, 장부미비 등 취득가액 확인이 불가능한 경우 양도가액의 50%를 취득가액으로 의제 허용

□ 대환대출 시 전세자금대출 이자상환액 소득공제* 적용(소득령 §112④)

◦ 전세자금 대환대출 시 금융기관으로 직접 차입금을 입금하는 경우도 소득공제 적용

* (현행) 대출기관에서 임대인 계좌로 직접 입금하는 경우에만 주택임차차입금 소득공제 가능

□ 현금영수증 발급의무 위반 신고대상자 명확화(소득령 §210의3⑦)

◦ 현금영수증 발급의무 위반자

* (현행) 현금영수증가맹점 (개정안) 현금영수증가맹점 또는 현금영수증을 발급하여야 하는 사업자

□ 현금영수증 의무발행업종 확대(소득령 별표3의3)

◦ ➊ 기념품, 관광 민예품 및 장식용품 소매업, ➋ 사진 처리업, ➌ 낚시장 운영업, ➍ 기타 수상오락 서비스업

□ 근로자 납세조합 교부금 지급수준 합리화(소득령 §221)

◦ 교부금 지급 하한선 조정: 2~10% → 1~10%

□ 주택에서 주택 외 용도로 변경 후 양도한 건물의 양도소득세 과세기준 합리화(소득령 §154①ㆍ§159의4)

◦ ‘1세대 1주택 비과세 및 장기보유특별공제(최대 80%) 적용 시 1주택 여부 판정 기준 시점’ 예외규정 신설 → 매매계약에 따라 주택에서 상가 등 주택 외 용도로 변경한 경우 매매계약일

□ 주택임대사업자의 거주주택 양도소득세 비과세 합리화(소득령 §155⑳)

◦ 장기임대주택 보유자의 거주주택 양도소득세 비과세 횟수제한 완화 → 횟수 제한 없이 거주주택에 비과세 적용

◦ 임대주택 범위에 단기민간임대주택 포함(「민간임대주택법」에 따라 아파트 제외)

◦ 장기임대주택을 거주주택으로 전환 시 양도소득세 비과세 합리화 → 2년 이상 거주 시 직전거주주택 양도 이후 양도차익분 비과세

□ 토지·건물 일괄 취득·양도 시 안분계산 예외 규정(소득령 §166⑦)

◦ 다른 법령에서 정하는 바에 따라 토지와 건물 등의 가액을 구분한 경우

◦ 토지와 건물 등을 함께 취득한 후 건물 등을 철거하고 토지만 사용하는 경우

□ 다주택자 양도소득세 중과 한시적 배제 1년 연장 및 단기민간임대주택 양도소득세 중과 제외(소득령 §167의3·§167의4·§167의10·§167의11)

◦ 보유기간 2년 이상으로서 ’22.5.10.부터 (’25.5.9.까지) 양도하는 주택 → (’26.5.9.까지)

◦ 건설형 장기민간임대주택 공시가격기준 상향: 6억원 → 9억원 이하

◦ 단기민간임대주택 추가: (건설형) 공시가격 6억원 이하 / (매입형) 공시가격 수도권 4억원, 비수도권 2억원 이하

□ 집합투자기구 분배유보 범위 조정(소득령 §26의2①)

◦ 적격 집합투자기구(연 1회이상 결산·분배 의무) 중 TR* ETF에 대한 분배유보 범위 조정(이자·배당 제외)

* 보유기간 중 이자·배당수익 등이 발생하더라도 분배하지 않고 그 수익 등을 전액 재투자한 뒤 환매ㆍ양도시 보유기간 총수익누계액(total return)을 분배하는 방식

◦ 다만, 국내 시장 지원을 위해 국내주식형 ETF(기초자산 주식 비과세)는 이자·배당 분배 유보 선택 가능

□ 국내원천 인적용역소득에 대한 지급명세서 제출 의무화(소득령§216의2, 법인령§162의2)

◦ 비거주자·외국법인의 국내원천 인적용역소득 관련 정보 제출을 의무화

2		법인세법 시행령

□ 비영리법인이 장기간(10년 이상) 고유목적사업에 사용한 유·무형자산의 처분 수입에 대한 과세 범위 합리화(법인령 §3②)

◦ (현행) 처분일 현재 3년 이상 계속 고유목적사업에 사용시 처분수입 과세 제외 →

◦ (개정) 고유목적사업에 총 10년 이상 사용한 자산 처분시 처분수입 중 보유기간 대비 사용기간만큼 과세 제외(현행 방식도 적용 가능)

□ 주식매수선택권 손금인정 범위 명확화(법인령 §19(19의2))

◦ 손금인정 대상에 「상법」제542조의3에 따른 주식매수선택권(자사 임직원에게 제공하는 경우만 해당) 추가

□ 비영리법인 임직원 인건비 한도 적용 비영리법인 대상 확대(법인령 §56⑪)

◦ 해당 사업연도와 직전 5개 사업연도 동안 수익사업 소득 합계액의 50%를 초과하여 고유목적사업준비금으로 손금산입한 비영리내국법인

□ 연결법인 법인세액 계산방법 명확화(법인령 §120의22②)

◦ (현행) ➊ 과세표준 개별귀속액 × 연결세율 + ➋ 토지등양도소득 법인세

◦ (개정) ➊ + ➋ + (추가) ➌ 투자․상생협력 촉진을 위한 과세특례 법인세액

□ 연결법인 간 결손금 이전에 따른 정산 예외 요건 완화(법인령 §120의22⑤)

◦ (현행) 주주 전부의 동의를 받은 경우 / 연결사업연도 결산 전

◦ (개정) 연결법인 외 주주 중 90% 이상의 동의를 받은 경우 / 신고기한 전

□ 전자기부금영수증 발급 의무 신설(법인령 §155의2④ 신설, 소득령 §208의3③신설)

◦ 직전 과세기간에 발급한 기부금영수증 합계액이 3억원 이상인 자

□ 신용카드매출전표 등 합산발급 적용 대상 확대(법인령 §159②)

◦ ｢관광진흥법｣ 제3조제1항 제1호의 여행업 영위 사업자

3		상속세 및 증여세법 시행령

□ 법인의 가업상속공제 및 가업승계 증여세 특례의 사업무관자산 범위 조정(상증령 §15⑤)

◦ 사업무관자산의 범위에서 임직원* 사택** 제외

* ➊ 소액주주가 아닌 주주등 및 ➋ 최대주주의 친족등인 임직원은 제외

** ➊ 국민주택규모(85㎡) 이하 또는 기준시가 6억원 이하 주택, ➋상속개시일・증여일 현재까지 5년 이상 계속하여 무상으로 제공하고 있는 주택

◦ 임직원 학자금*ㆍ주택자금** 제외

* 자녀의 학자금을 포함

** 기준시가 6억원 이하 주택의 전세자금

◦ 기준 조정 : 150% → 200%

□ 개인사업자의 가업상속공제 대상 자산 범위 조정(상증령 §15⑤)

◦ 비사업용 토지 제외

□ 동거주택 상속공제 요건 합리화(상증령 §20의2①(8))

◦ 동거주택 상속공제 요건 중 1세대 1주택 요건을 충족한 것으로 인정되는 경우에 ‘상속인의 배우자가 피상속인의 사망 전에 발생된 제3자의 상속으로 인해 공동으로 소유하는 주택을 소수지분자로서 소유한 경우’ 추가

□ 가업상속공제 대상 업종 확대(상증령 별표)

◦ ｢소상공인법｣에 따른 백년가게*를 운영하는 사업

* 30년 이상 계속 사업한 소상공인(제조업 제외) 중 제품・서비스 차별성, 지역사회 기여도 등을 고려하여 중기부 장관이 지정한 자

4		종합부동산세법 시행령

□ 공공·민간임대주택 종부세 합산배제 대상 확대(종부령 §3①)

◦ 30호 이상 건설 또는 매입하여 공급하는 민간임대주택에 대한 종합부동산세 합산배제 가액기준 상향*

* [건설형] (현행) 공시가격 9억원 이하 → (개정) 12억원 이하

[매입형] (현행) 공시가격 6억원 이하 → (개정) 9억원 이하(비수도권 6억원 이하)

□ 사내·공동근로복지기금이 출연자 소속 근로자에게 제공하는 사원용주택 종부세 합산배제(종부령 §4①)

◦ 합산배제 사원용주택의 적용범위에 ‘「근로복지기본법」에 따른 사내·공동근로복지기금이 출연자 소속 근로자에게 무상·저가로 제공하는 주택’ 추가

□ 종합부동산세 합산배제 주택범위 확대(종부령 §4①)

◦ 한국토지주택공사 등이 공공 매입한 토지임대부 분양주택, 「공항소음방지법」에 따른 매수청구로 시설관리자 또는 사업시행자가 취득한 주택 추가

□ 사원용주택 일시적 공실시 종부세 합산배제(종부령 §4④)

◦ (사원용주택) 과세기준일에 공실이더라도 1년 중 9개월 이상 사원용주택으로 제공시 계속 제공한 것으로 간주

□ 1세대 1주택 특례가 적용되는 지방저가주택 대상 확대(종부령 §4의2③)

◦ 3억원 → 4억원 이하

5		부가가치세법 시행령

□ 사업장을 전차한 경우 사업자등록 첨부서류 추가(부가령 §11③)

◦ 전대차계약서 사본, 임대인의 전대동의서(임대차계약서에 전대 시 임대인 동의가 필요없다는 특약 있는 경우는 해당 임대차계약서 사본)

□ 기술보증기금의 보증 용역에 대한 부가가치세 면제 명확화(부가령 §40①)

◦ 면세하는 금융‧보험 용역의 범위에 ‘「기술보증기금법」에 따른 보증업무’ 추가

□ 부가가치세 수시부과 사유 구체화(부가령 §104의2 등)

◦ 사업장의 이동이 빈번한 경우

◦ 사업장의 이동이 빈번하다고 인정되는 지역에 사업장이 있을 경우

◦ 휴업 또는 폐업 상태에 있을 경우

◦ 신용카드·현금영수증가맹점 의무 가입 사업자가 미가입한 경우로서 사업규모·영업상황 등 감안 시 신고 내용이 불성실한 경우

◦ 조기환급 신고의 내용에 오류가 있는 경우

□ 판매·결제대행 자료 제출 대상 확대(부가령 §121②)

◦ 앱 마켓사업자* 추가

* ｢전기통신사업법｣ §2(13): 부가통신역무를 제공하는 사업 중 모바일콘텐츠 등을 등록ㆍ판매하고 이용자가 모바일콘텐츠 등을 구매할 수 있도록 거래를 중개하는 사업을 하는 자

6		개별소비세법 시행령

□ 승용차 개별소비세 탄력세율 적용(개소령 §2의2①‧②)

◦ (세율) 3.5% / 세율 조정에 따른 개별소비세액 인하 한도: 100만원

◦ (적용기한) ’25.6.30.

7		조세특례제한법 시행령

□ 우수 해외인재(K-tech Pass 보유자) 소득세 감면(조특령 §16②)

◦ ｢첨단산업 인재혁신 특별법｣상 우수 해외인재*(K-Tech Pass 소지자)에 대해 최초 근로제공일 이후 10년간 소득세 50% 감면

* 글로벌 Top100 공대 석박사 졸업자로서 글로벌 우수기업에서 3년 이상 근무를 포함하여 8년 이상 근무경력이 있는 자

□ 중소기업 청년근로자 및 핵심인력 성과보상기금 수령액에 대한 소득세 감면 적용대상 공제사업의 범위 규정(조특령 §26의6①)

◦ 내일채움공제, 중소기업 재직자 우대 저축 공제

□ 중소기업 취업자에 대한 소득세 감면 대상 업종 정비(조특령 §27③)

◦ 「관세사법」에 따른 통관업, 가상자산 매매 및 중개업, 수의업, 부동산 임대업 제외

□ 반기 근로장려금 환수금액에 대한 환수기간 연장(조특령 §100의9⑦))

◦ 근로장려금 환수 금액 발생 시 환수 결정 후 근로‧자녀장려금 차감 기간 연장(5년→10년)

□ 용역제공자 과세자료 제출에 대한 세액공제 확대(조특령 §104의29①)

◦ 300원 → 500원

□ 수영장ㆍ체력단련장 시설이용료 소득공제 적용(조특령 §121의2)

◦ 시설이용료만 인정(운동강습비 및 회원권 비용 등 시설이용과 직접 관련이 없는 비용은 제외)

□ 현금거래사실확인 신청기한 확대(조특령 §121의5②·⑧)

◦ 3년 → 5년

□ 연구개발의 범위에서 제외되는 활동 명확화(조특령 §1의2)

◦ 조특법상 연구개발에 해당하지 않는 활동에 ‘상용화･사업화된 제품･기술･서비스･설계･디자인 등을 단순 보완･변형･개선하는 활동’ 추가

□ 중소기업 범위 합리화(조특령 §2①)

◦ 법인, 개인사업자간 조세 중립성을 제고*하기 위해 부동산임대업 법인은 조특법상 중소·중견기업에서 제외

* 개인사업자의 경우 부동산임대업에서 발생한 소득은 투자·고용 등 ｢조특법｣상 과세특례 대상에서 제외되나, 법인은 부동산임대업도 과세특례 대상

◦ 법인을 활용한 개인의 조세회피를 방지하기 위해 ‘성실신고확인대상 소규모 법인*’을 조특법상 중소･중견기업에서 제외

* (요건: ➊+➋+➌) ➊ 지배주주등 지분율 50% 초과, ➋ 부동산임대업이 주된 사업 또는 부동산임대･이자･배당소득이 매출액의 50% 이상, ➌ 상시근로자 5인 미만

□ R&D 세액공제 대상 비용 범위 확대(조특령 §9ㆍ별표6ㆍ조특칙 §7)

◦ 연구시설 임차료, 소프트웨어 대여･구입비 등도 국가전략기술, 신성장·원천기술 연구·인력개발비 세액공제 적용대상에 포함

* R&D용 시설 임차료, 소프트웨어 대여･구입비, 기술정보비, 기술지도비, 디자인 개발지도비, 특허 조사･분석비 등

◦ 인공지능 분야 연구개발 지원 확대를 위해 클라우드 이용료에 대해 연구·인력개발비 세액공제 적용

◦ 사내 교육프로그램을 청년 등 일반에게 제공하기 위한 비용(예: 강사료 등)에 대해 인력개발비 세액공제 적용

□ 통합투자세액공제 적용 제외되는 임대용 자산의 범위 설정(조특령 §21)

◦ 자신의 사업에 직접 사용하지 않고 다른 사람에게 임대할 목적(임대사업자의 임대 포함)으로 취득한 자산

□ 북한이탈주민 통합고용세액공제 우대대상 추가(조특령 §26의8)

◦ 「북한이탈주민의 보호 및 정착지원에 관한 법률」 제2조제1호에 따른 북한이탈주민

□ 기회발전특구 창업기업 세액감면 업종 추가(조특령 §116의36)

◦ LNG 등 천연가스 공급업, 신ㆍ재생에너지(수소 등) 공급업을 기회발전특구 세액감면 대상 업종에 추가

□ 가업승계 증여세 과세특례 요건 합리화(조특령 §27의6)

◦ 가업승계 증여세 특례제도가 적용되는 요건에 ‘증여자의 대표이사* 재직요건’ 추가

* 가업영위기간의 50% 이상 또는 증여일부터 소급하여 10년 중 5년 이상 대표이사로 재직

□ 인구감소지역 주택 취득자에 대한 과세특례 세부요건 규정(조특령 §68의2)

◦ 과세특례가 적용되는 주택요건(➊&➋)

➊ (주택소재지) 인구감소지역 소재

- 수도권ㆍ광역시는 제외하되, 수도권 내 접경지역 및 광역시 내 군지역은 포함

- 기존 1주택과 동일한 시·군·구 소재 신규 주택 취득은 제외

➋ (주택가액 상한) 공시가격 4억원*

* 양도소득세는 취득시점, 종합부동산세는 과세시점 기준

□ 개인투자조합 출자시 소득공제 추징 예외사유 확대(조특령 §14⑩)

◦ 개인투자조합이 일정기간(투자일로부터 1년 이후) 및 일정 요건(예: 투자기업의 증권시장 상장)을 충족하여 해산하는 경우 추가

8		국세기본법 시행령

□ 특별재난지역 납부기한 연장 등 특례 적용대상 확대(국징령 §12②ㆍ§77②)

◦ 특별재난지역에서 부상 등 피해를 당한 개인사업자 등(특별재난지역 내 사망자의 상속인 포함)

□ 토지·건물 등 납세담보의 평가 관련 규정 명확화(국징령 §19②)

◦ 평가 기준일 : 담보제공일

9		국제조세조정에 관한 법률 시행령

□ 해외금융계좌 중 해외 가상자산 계좌의 잔액 산출방법 보완(국조령 §93)

◦ ‘매월 말일 최종가격을 확인할 수 없는 경우에는 신고의무자가 보유한 가상자산이 거래되는 국내외 거래소들의 매월 말일 최종가격 중 선택’ 추가

□ 해외금융계좌 신고의무 불이행 등에 대한 과태료 완화 및 가중ㆍ감경 기준 구체화(국조령 §147)

◦ (해외금융계좌 신고) 10%∼20% 누진율, 20억원 한도 → 10% 단일율, 10억원 한도

◦ (금융정보 제공) 금융기관별 2천만원/1천만원 → 계좌별 30만원/10만원, 한도는 동일